本发明公开了一种高盐发酵红曲黄色素制备方法，包括如下步骤：步骤1：制备含高盐的基本培养基，且基本培养基中的盐含量不低于20‑50g/L；步骤2：取红曲菌种子液接种于步骤1所制备基本培养基中进行好氧发酵4‑7d；步骤3：从步骤2所得的发酵液进行固液分离，分别从清液中得到胞外红曲黄色素，从固态物中通过乙醇提取分离法获得胞内红曲黄色素，其中，胞外红曲黄色素与胞内红曲黄色素总和即为红曲黄色素产品。本发明通过采用高盐的极端环境中进行发酵，其能促进红曲菌代谢生成红曲黄色素，如此可显著的提高红曲黄色素的产量，如此可考虑直接采用海水或浓缩的海水来配制培养基进行发酵生产，使得整个生产方法生产成本低，且环境友好，同时产量高。