本发明涉及一种低pH条件下高产苹果酸的黑曲霉基因工程菌株，步骤如下：获得pexG基因敲除菌株S914；获得表达苹果酸合酶基因mas*菌株S1016；过表达黑曲霉苹果酸转运蛋白基因dct1，经转化子筛选和潮霉素抗性基因重组获得无筛选标记的过表达dct1菌株S1140，即为低pH条件下高产苹果酸的黑曲霉基因工程菌株。本菌株基于黑曲霉耐酸且产生有机酸的天然特性，通过遗传重组改造黑曲霉的生理特性而获得的，经过实验证实，该黑曲霉基因工程菌株在低pH下生产苹果酸的能力显著提升，为微生物发酵法制备苹果提供了优良菌种。