本发明公开了一种环保型含氟水性聚氨酯的制备方法，包括步骤：通过巯基‑炔点击化学反应在炔基功能化聚氨酯的每个炔基上引入两个含氟侧链得到含氟侧链聚氨酯、将所述含氟侧链聚氨酯经乳化后得到环保型含氟水性聚氨酯；所述含氟侧链聚氨酯的含氟侧链的碳原子数小于8个。本发明采用水作溶剂，具有合成步骤简单高效、无甲醛无苯类溶剂、无生物蓄积性、无毒性的特点；本发明的环保型含氟水性聚氨酯是一种多功能、绿色环保的防水、防污多功能涂层和织物整理剂，可应用于航空航天、纺织、皮革、包装和建筑等领域。