本发明公开了一种制备阿胶小分子低肽的方法，包括以下步骤：(1)将阿胶溶解，配置成设定浓度的阿胶水溶液；(2)加酸高压水解：将步骤(1)中的阿胶溶液与草酸混合，调节pH至1.5~2.5，高压酸性水解；(3)回调pH：调节高压水解后的产物的pH至3.5~4.5；(4)脱色和除杂：加入活性炭进行脱色和除杂，然后去除活性炭，即得阿胶小分子低肽。本发明采用有机酸来制成酸性环境，草酸是一种弱酸，能够充分打破阿胶蛋白质之间的肽键，将其分解为小分子低肽；采用高压蒸煮的方法则是快速将蛋白质变性，将肽键断裂。本发明采用两者相结合的方法，有利于得到分子量较小和均匀的小分子低肽。小分子量低肽可以被人体很好的吸收和利用。