本发明公开了一种无菌车间净化通风系统，包括外壳、进风口、第一过滤装置、消毒装置、引风装置、第二过滤装置、出风装置，第一过滤装置包括第一过滤腔、导风装置和第一过滤层，导风装置包括若干导风板，导风板上有若干凸起，消毒装置包括消毒腔、消毒管和紫外线灯，引风装置包括引风室、引风扇和散热器，第二过滤装置包括第二过滤腔、依次设置在第二过滤腔内的铝合金过滤网、蜂窝活性炭过滤网、冷触媒过滤网，出风装置包括出风口、出风腔、负离子发生器和微风扇。本发明提供一种无菌车间净化通风系统，解决了现有技术不能对车间内部进行杀菌消毒，车间内容易滋生细菌，对人员健康和生产带来不利的问题，提高了对无菌车间的净化和杀菌消毒的效果。