本发明公开了一种评价微塑料生态毒理学影响的方法，包括如下步骤：(1)卤虫暴露实验；(2)收集肠道；(3)DNA抽提和PCR扩增；(4)Illumina Miseq测序；(5)数据处理；(6)数据分析：将处理的数据进行聚类分析发现，在门水平上各组中主要菌门为放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)；(7)生态毒理学评价：微塑料对生物体有一定的毒性作用。本发明的方法操作简单，准确度高，实验周期短，能快速检测肠道微生物。本发明能够快速、准确评价微塑料的生态毒理学影响。