本发明公开了细胞工厂生物反应器显微光电监测系统，涉及生物反应器技术领域，包括计算机、细胞工厂生物反应器、倾斜显微光学系统、透射照明系统和X轴移动平台，细胞工厂生物反应器安装在X轴移动平台上以控制其在水平方向上左右移动，倾斜显微光学系统和透射照明系统分别安装在C型机械臂的两端，透射照明系统发出的光倾斜投射细胞工厂生物反应器后被倾斜显微光学系统接收到，并将生成的图像发送给计算机。本发明将显微光学系统安装在生物反应器的一侧，并采用倾斜透射的方式进行照明和图像采集，可以用来监测生物反应器各层培养叠板不同位置处细胞的生长状态，极大的扩大了监测范围，为相关科学研究提供了真实可靠的数据基础。