本发明公开了一种降低林可霉素B组分含量的纯化工艺。该工艺以溶媒提取液的反萃液或林可霉素粗品的水溶液为纯化对象，将溶液用NaOH调pH后在硅胶基质填料的色谱柱上进行吸附，以纯水进行洗涤，再用丁醇或丙酮进行解析，之后用盐酸调酸、结晶。本纯化工艺使用了高效制备液相色谱技术，具有分离收率高，分离周期短，工艺稳定性好，自动化程度高的优势。相对其它纯化工艺，该工艺设备占地少，环境污染小，生产可控性强，有利于工业规模应用。