本发明涉及一种紫锥菊中酚酸类化合物的分离制备方法。首先利用pH区带逆流色谱中洗脱剂可以加快洗脱速度的性质进行了紫锥菊中酚酸类化合物的分段富集，然后再次利用pH区带逆流色谱从紫锥菊中分离得到了高纯度的咖啡酰酒石酸，阿魏酰酒石酸，香豆酰酒石酸，异阿魏酰酒石酸，咖啡酰酒石酸甲酯，菊苣酸(2, 3‑O‑二咖啡酰酒石酸)，阿魏酸以及咖啡酸甲酯等8个酚酸类化合物。该方法提不仅保证了高进样量，还使含量较低的化合物在分段富集后凸显出来，在二次分离中得到更多的化合物，大大提高了分离效率。