本发明属于控释肥料生产技术领域，更具体地，本发明涉及一种纳米控释肥及其制备方法。一种纳米控释肥，由肥芯颗粒和外部包膜组装而成，所述肥芯颗粒为负载肥料的巯基功能化纳米载体，且巯基功能化纳米载体与肥料之间的质量比为1 : (1‑10)。本发明提供了一种纳米控释肥，为纳米尺度的肥料，可有效提高作物对肥料的吸收利用率，且通过对装载肥料的纳米载体进行功能化处理之后，能够具有环境刺激响应性，受刺激释放纳米载内的肥料，无刺激不释放，受作物体内的谷胱甘肽或硫氧还蛋白的作用，与纳米载体表面的二硫键作用，从而断裂二硫键，打开纳米管表面的介孔和管腔端口，释放管腔内的肥料。