本发明公开了一种慢病毒载体液无菌分装方法及分装系统，其中，分装方法包括以下步骤：步骤1：将无菌隔离器进行灭菌处理；步骤2：将慢病毒载体液通过SART接口导入无菌隔离器；步骤3：进入无菌隔离器通过除菌滤器过滤后的慢病毒载体液通过分装工具进行分装至分装瓶；步骤4：使用旋盖工具对分装瓶进行安装封盖；分装系统包括无菌隔离器、分装瓶、进料组件；将慢病毒载体液通入无菌隔离器后使用分装工具进行无菌分装将慢病毒载体液分装至分装瓶中，再使用旋盖工具统一对分装瓶进行封盖，整个过程均在无菌环境中进行，操作简单，不易污染，有效增加生产效率，保证产品质量。