本申请涉及一种利用人粪菌发酵附子制备含苯甲酰乌头原碱的粪菌移植胶囊的方法。“粪菌移植”(Fecal microbiota transplantation，FMT)是指将健康人粪便中的功能菌群，移植到患者胃肠道内，重建新的肠道菌群，实现肠道及肠道外疾病的治疗。临床发现有些病人服用附子后达不到应有的疗效，导致个体差异的其中一个主要原因是病人肠道菌群缺失不全，导致附子中的有毒物质无法正常代谢为无毒活性成分，且对活效成分的利用率低，从而不能发挥附子应有的疗效。本发明利用粪菌移植供体的健康优质粪便，在体外模拟肠道微生物对附子的转化作用，通过适当的发酵条件，将附子中的乌头碱等有毒成分转化为无毒代谢产物，同时增加苯甲酰乌头原碱等活性成分的含量。将粪菌发酵液制成粪菌胶囊，用于临床的粪菌移植治疗。