本发明公开了一种抑制铜绿假单胞菌生长的天然组合物及其制备方法和应用。本发明将蜂蜜和苦楝果水煎提取物按照质量比为(1～8) : (1～8)的比例混合均匀，得到有效组合物。通过本发明的试验研究表明，蜂蜜和苦楝果水煎提取物对铜绿假单胞菌有优异的抑菌作用，二者复配使用抑制铜绿假单胞菌的生长更高效、更长效，二者复配有协同增效作用。本发明的组合物的原材料天然环保，抑菌效果显著，有益于人体健康，可应用于制备清洗伤口的药物、食品保鲜防腐剂、日化产品抗菌剂等。