本实用新型涉及抗菌肽生产技术领域，公开了一种抗菌肽药物灌装装置，包括机壳和机架，机架上固定连接有升降装置，升降装置上连接有灌装头，灌装头的进水口连通有柔性管道；所述灌装头的正下方设置有锥形的护套，护套由支撑条固定，其喇叭口朝下设置；所述护套的下方设置有可上下移动的支撑台，支撑台为水平设置；所述支撑台的下方固定有举升装置，举升装置设于机壳内；所述机壳上相对的两侧开设有进口和出口，进口、出口对应支撑台设置。该抗菌肽药物灌装装置的灌装头在护套的辅助下自动对准空灌装瓶瓶口并伸入其中进行灌装操作，可以有效避免灌装头失准造成灌装头直接抵触在空灌装瓶口上造成损坏，避免灌装头偏离瓶口造成抗菌肽药物泄漏。