本发明公开了一种畜禽用水溶型纳米单质硒的制备方法，包括以下步骤：1)按质量分数分别称取亚硒酸盐、分散剂、还原剂及载体备用；2)将亚硒酸盐加入至水中溶解，搅拌均匀后备用；3)向步骤2)中加入分散剂，并持续搅拌至无色透明溶液变成红色溶液且颜色不再加深，然后停止搅拌；4)持续搅拌，加入还原剂溶液颜色逐渐变成红色，持续25min，搅拌至还原剂全部溶解后反应基本完成；5)向步骤4)的溶液中加入载体搅拌均匀，然后剪切均质。本发明制备的纳米单质硒，通过还原剂对亚硒酸钠进行还原，将剧毒物质转变为动物可利用的单质硒，丰富了单质硒的生产途径。并使用分散剂和载体，结合固体分散技术，制得稳定的纳米单质硒微囊。