本发明公开了一种制备苦杏仁苷的方法，包括如下步骤：S1、提取物制备：取苦杏仁药材为原料，粉碎过筛、灭酶、脱脂、过滤取滤渣、用酒精溶解、超声提取、过滤，滤液浓缩得到主含苦杏仁苷的提取物；S2、正相柱层析分离：以乙酸乙酯‑甲醇为洗脱溶剂、硅胶为填料进行正相柱层析分离所述苦杏仁苷的提取物，收集含有苦杏仁苷的洗脱溶剂，减压蒸馏得到苦杏仁苷粗品；S3、高速逆流色谱纯化：以乙酸乙酯‑正丁醇‑水为溶剂体系，经高速逆流色谱分离纯化苦杏仁苷。利用所述方法制备的苦杏仁苷纯度高，单次制备量大，并对样品活性无影响，也无外加污染，产品可用于药品，化妆品，保健品等。