本发明提供一种检测结核杆菌实验室终末消毒效果的方法，具体过程为：(1)采集擦拭拭子样本和空气样本；(2)将两类样本分别与无菌生理盐水混合，充分挤压后涡旋混匀；(3)采用DNA基因组提取试剂盒提取两类样本液的完整细菌全基因组核酸样本；(4)以结核分支杆菌复合群特异性插入序列IS6110为靶标，采用Primer5软件设计特异性核酸扩增引物IS6110P；(5)分别将两类样本的完整细菌全基因组核酸样本、上游引物、下游引物、DNA聚合酶及其相应缓冲液、4种dNTP和无菌双蒸水混合进行PCR扩增反应；(6)采用琼脂糖电泳法检测鉴定两类样本的扩增产物，并在凝胶成像仪下观察扩增产物并记录检测结果。