本发明公开了一种表达微生物胆固醇酯酶的基因工程菌及其构建方法，属于酶工程技术领域。本发明方法是将Burkholderia cepacia.源的胆固醇酯酶和胆固醇酯酶分子伴侣基因进行串联共表达，其中胆固醇酯酶基因和分子伴侣基因之间通过SD序列连接。本发明成功地表达了Burkholderia cepacia.源的胆固醇酯酶，并实现了Burkholderia cepacia.源的胆固醇酯酶的活性表达、高效表达。本发明构建的基因工程菌发酵的粗酶液中胆固醇酯酶酶活可达640U/L。