本实用新型公开了一种花青素的分离纯化装置，装置包括中央分配罐，中央分配罐的进料口分别连接有花青素浓缩液加料管、洗脱剂加料管和纯水供应管；层析柱内设置有树脂，其顶部设置有活化液入口和进料口，底部设置有出料总管，进料口与中央分配罐的出料口连通；层析柱上还设置有树脂更换入口和树脂更换出口；该出料总管分别连接洗脱剂储罐、副产物储罐、高纯液储罐和低纯液储罐，该出料总管上还设置有活化液出口接头和排污出口接头，出料总管上设置有液相色谱检测器，该活化液出口接头连接有活化液储罐，该分离纯化装置在能长时间的保持高效的分离纯化效率，适合花青素自动化连续提取工艺中。