本申请公开了一种高活性小分子复合食用灵芝菌粉的生产方法，包括以下步骤：将紫芝菌丝体粉和桑黄菌丝体粉均匀混合得到高活性小分子复合食用灵芝菌粉。所述紫芝菌丝体粉和桑黄菌丝体粉的混合质量百分含量如下：紫芝菌丝体85‑60％、桑黄菌丝体15‑40％。所述高活性小分子复合食用灵芝菌粉的含水量为5‑7％。本发明通过选择培养基的原料种类、调整比例，应用固体发酵技术，减少成本，有效地发酵生产了高活性的紫芝菌丝体及桑黄菌丝体，通过低温烘干保持其有效成分效果更好；另外，本发明还对不同菌种的发酵条件进行了测试研究进而优化了培养条件。