本发明公开了一种益生菌微胶囊、其制备方法和用途，该益生菌微胶囊的颗粒直径为200‑400μm；在20‑30℃的室温环境下，包埋存活率≥95％；在人工胃液环境里的耐受率≥96％；在人工肠液环境里的缓释时间为120min以上。本发明还公开了该益生菌微胶囊的制备方法。本发明的益生菌微胶囊包埋存活率，便于常温存储和运输，适于作为食品添加剂、保健品添加剂、药品添加剂或饲料添加剂。