本发明提供一种畜禽养殖饲料组合物，其包含畜禽饲料基料和发酵秸秆，其中发酵秸秆通过用于激活微生物生长的发酵剂与农作物秸秆粉发酵来制备，发酵剂按其与农作物秸秆粉的总重量计包含以下组分：环丙氨嗪0.02‑0.03％、硫酸铜0.2‑0.4％、硫酸锌0.6‑0.8％、硫酸亚铁0.3‑0.6％、氯化钴0.6‑0.7％、食用盐0.1‑0.2％、小苏打0.3‑0.4％、葡萄糖粉0.5‑1.5％。本发明还提供该畜禽养殖饲料组合物的制备方法及其在畜禽养殖中的应用。本发明的畜禽养殖饲料组合物是一种生态环保的饲料，并且制造成本低。