本发明提供了一种除灭水生蓝藻的组合物，该除灭水生蓝藻的组合物由如下百分含量的原料制成：氯溴异氰尿酸66.6％、侧孢芽孢杆菌33.4％。本发明所述的除灭水生蓝藻的组合物所包含的两个单剂化学结构差异很大，作用机理完全不同，不存在交互抗性，可延缓两个单剂单独使用所产生的抗性问题，使得该除灭水生蓝藻的组合物具有施用量少、见效快、防治效果好且更持久、施用时间间隔长的优点，本发明所述的除灭水生蓝藻的组合物对作物安全且无污染，经试验证明，本发明除藻剂组合物具有对水生生物安全、环境污染降低、与环境兼容性强等特点，并能够对防治对象表现出明显的增效以及互补作用。