本发明公开了一种防治新生儿黄疸的药物组合物及其制备方法和应用，属于新生儿黄疸的药物制备和应用领域。本发明首先公开了一种防治新生儿黄疸的药物组合物，包括以下各组分：栀子苷、黄芩苷、对羟基苯乙酮、绿原酸。本发明进一步公开了制备所述药物组合物的方法，包括：按所述质量份称取栀子苷、黄芩苷、对羟基苯乙酮、绿原酸，溶于水，调pH值到7.0，过滤，分装，冷冻干燥，压盖，检验，包装，即得。本发明防治新生儿黄疸的药物组合物可以制备成冻干口服粉，具有服用方便、疗效确切、不良反应少、副作用小、安全性好等优点。