本发明公开了一种包虫重组蛋白及其制备方法和应用，涉及生物医药技术领域，包括包虫抗原和包虫单链抗体；所述包虫抗原为含有主要抗原决定簇的AgB8/2抗原；所述包虫单链抗体为scFv，包括以下步骤 : (1)查找包虫中含有主要抗原决定簇的AgB8/2抗原；(2)优化包虫AgB8/2抗原基因的密码子，合成核酸序列并进行表达；(3)构建针对包虫AgB8/1抗原的单链抗体，调取单链抗体scFv的基因；(4)重组优化的包虫AgB8/2抗原基因和针对包虫AgB8/1抗原的单链抗体scFv的基因，并进行表达；(5)纯化及复性包虫重组蛋白。本发明在开发单克隆抗体的基础上又进行重组抗体技术开发单链抗体，易于在细胞中表达，可以在真核或者原核细胞中表达，可大量生产，成本较低。