本实用新型提供一种黄芩苷提取废水处理系统，包括依次设置的中和池、调节池、USR反应器、中间罐、IC反应器、好氧池、生物接触氧化池、二沉池、混凝反应池、清水池、砂滤罐、脱色池、贮泥池、污泥浓缩一体机。本实用新型的有益效果：本实用新型为一种经济适用、专门用于黄芩苷提取废水的处理工艺，将厌氧反应器与好氧处理系统有效结合，减少对环境的污染，在本次处理系统中，好氧处理单元均采用自流，降低污水运营成本，且维护操作简便。