本发明公开了一种自清洗质谱装置和质谱仪，包括装置本体与清洗机构，所述清洗机构固定安装在装置本体的左侧，所述装置本体包括质谱仪本体、进料口、出料口、检测板、分隔板，所述质谱仪本体顶部的右侧设置有进料口，所述质谱仪本体右侧的底部设置有出料口，所述质谱仪本体的内壁上设置有检测用检测板，所述质谱仪本体的内壁上且位于检测板的左侧设置有分隔板。本发明通过装置本体与清洗机构之间的相互配合，实现了一种自清洗质谱装置和质谱仪，利用反冲洗功能对检测板上粘附的基质进行清理，不仅能够实现对器件的清理，为质谱仪的再次使用提供了良好的基础，而且不需要拆卸繁琐的部件，从而为工作人员提供了便利。