本发明公开了一种基于赖氨酸的聚酯酰胺纳米递药体系及其制备方法和应用。所述聚酯酰胺聚合物的制备方法，包括以下步骤：合成二元羧酸二对硝基苯基酯单体；合成二赖氨酸二对甲苯磺酸盐酯单体；将质量比为小于或等于1：1的二元羧酸二对硝基苯基酯单体和二赖氨酸二对甲苯磺酸盐酯单体加入反应溶剂中，65～85℃搅拌条件下逐滴加入三乙胺作为反应催化剂，在60～80℃下加热反应24～96h，得到具有良好水溶性的聚酯酰胺聚合物，可高效装载传递和可控释放水溶性蛋白类药物，具有良好的生物安全性和释药性，且显著提高了蛋白类药物在体循环中的稳定性和生物利用度。