本公开属于甘油葡萄糖苷脱色技术领域。具体涉及一种甘油葡萄糖苷深度脱色纯化方法。发明人在先专利提供了一种通过微藻制备甘油葡萄糖苷并进行纯化的方法，所述方法包括膜处理及深度脱色步骤，该纯化方法对于小分子色素的吸附效率较低，难以满足一定情况下的生产需求。针对该技术问题，本公开提供了一种更为高效的色素脱除方法，包括采用膜处理设备进行初步脱色及硅碳类树脂吸附材料进行深度脱色。经本公开研究表明，采用上述树脂类材料对色素进行吸附能够有效提高对小分子色素的吸附效果，通过吸附材料具有良好的回收率，应用于工业生产，具有显著的经济意义。