本发明公开了一种黄酮衍生物及其制备方法与应用。该黄酮衍生物的分子式为C21H20O6，结构式如式I所示。该黄酮衍生物的制备方法包括以下步骤：(1)在菌种培养基中对球黑孢霉(Nigrospora sphaerica)ZMT05进行菌种培养；(2)在发酵培养基(含有槐米)中对步骤(1)中得到的菌种进行发酵培养，然后用乙醇水溶液或甲醇水溶液进行浸提，减压浓缩，再用有机溶剂萃取，最后经硅胶柱层析和重结晶进一步纯化，得到黄酮衍生物。本发明制得的黄酮衍生物具有较强的抑制柑橘青霉菌和香蕉炭疽菌的作用，可用作微生物农用抗菌剂，且原料可以大规模生产，应用前景广阔。