本发明公开了一种印奇果多肽的制造方法，利用印奇果蛋白质在不同条件下的溶解度有差异、可被蛋白酶酶解、超滤与纳滤膜对不同分子量物质截留率不同的性质，印奇果粕用水提取蛋白质，分离印奇果渣，水提取液经超滤除去杂质得到净化的水提取液，印奇果渣和净化的水提取液混合加热变性后，通过酶解和灭酶经分离后得到印奇果多肽溶液，印奇果多肽溶液通过超滤除杂和纳滤浓缩得到印奇果多肽浓缩液，多肽浓缩液经喷雾干燥即得印奇果多肽。本发明的印奇果多肽的制造方法成本低、纯度高、颜色白、风味佳、可食用、得率高、功能性强、可机械化。