本实用新型提供了一种玻璃冻干管的保护盒，包括盒盖、底座、防漏膜、减震弹簧、下压板与盒体，所述盒盖包括顶壁和侧壁，盒体包括侧壁和底壁，所述盒盖的侧壁内侧与盒体的侧壁外侧通过卡口固定连接；所述盒体内部含有多个内腔，所述内腔顶部包覆有防漏膜，所述防漏膜粘结在内腔壁上，所述防漏膜中央设置十字形开口，所述底座固定在盒体内底壁内侧；所述下压板设置在盒体顶部，所述减震弹簧固定设置在盒盖顶壁内侧；所述下压板顶部设有缓冲垫。盒体具有防漏膜，可以稳定冻干管和防止冻干病毒外泄，适用于不同规格冻干管的存放；冷凝剂的填充便于长途运输过程中保持冻干病毒的活性；盒体提供多个隔离的内腔，可用于冻干管的批量运输。