本发明公开了一种基于流式细胞术定量分析细胞核内转录因子含量的方法，涉及生物技术领域。该方法包括：细胞核分离步骤、转录因子染色步骤以及流式细胞术分析步骤。采用该方法可以对细胞内的转录因子进行定量分析或分布情况分析，其具有高通量和更准确的量化分析特点。