本发明公开了壳聚糖酶突变体及其编码基因和应用。针对壳聚糖酶CHIS1754存在催化效率和热稳定性不高，将其应用于壳寡糖的酶法生产会导致生产效率不高的问题，为了提高壳聚糖酶CHIS1754的催化效率和热稳定性，本发明将壳聚糖酶CHIS1754进了多位点突变得到壳聚糖酶突变体，其编码基因的核苷酸序列为SEQ ID No.2所示。试验证实，通过多位点突变得到的壳聚糖酶突变体的催化效率和热稳定性有显著提高。本发明进一步将所述的壳聚糖酶突变体应用于壳寡糖的酶法生产。