本发明涉及甲基转移酶及其应用。本发明揭示了最新分离和鉴定获得的一组甲基转移酶。在提供甲基供体的情况下，本发明的酶能将甲基转移到黄酮类或异黄酮类化合物上，使之增加一个甲基。具体地，本发明的甲基转移酶能特异和高效地催化黄酮类化合物底物的C‑3位、C‑7位、C‑3’位、C‑4’位的羟基甲基化，或异黄酮类化合物底物的C‑7位、C‑4’位的羟基甲基化。所述的甲基转移酶可应用于黄酮类或异黄酮类化合物的合成、改造与生物转化等领域。