一种生产纳豆激酶的芽孢杆菌的培养方法，包括：在摇瓶反应器中加入一定量的含碳源培养基，高温灭菌后备用；将活化后的枯草芽孢杆菌种子液接入摇瓶反应器中进行振荡培养，其中，培养温度为28℃，摇瓶反应器的转速为200‑240rpm，种子液接种量为1％‑5％，培养基初始pH7‑7.5。本发明针对纳豆芽孢杆菌培养过程中普遍存在的生物量低的问题，改进培养基碳源并优化培养条件，改善纳豆芽孢杆菌生长条件以提高纳豆芽孢杆菌生物量。本发明的培养方法能够提高纳豆芽孢杆菌发酵过程中的单位菌体密度，提高纳豆芽孢杆菌生物量，同时培养基成分简单利于后续处理，从而有利于降低生产成本。