本发明提供了一种抗菌肽和线粒体DNA复合物及其多克隆抗体和应用，属于生物医药技术领域，所述抗菌肽和线粒体DNA复合物，包括抗菌肽和线粒体DNA；所述抗菌肽和线粒体DNA的质量比为(3～5)：1；所述抗菌肽包括LL‑37或Cramp。本发明还提供了所述的抗菌肽和线粒体DNA复合物的多克隆抗体，通过将所述的抗菌肽和线粒体DNA复合物免疫动物获得。本发明利用所述抗菌肽与线粒体DNA复合物制备的多克隆抗体得率高，特异性好，效价高；对复合物的靶向效果好，对类风湿性关节炎具有非常好的治疗效果。