本发明公开了一种E3泛素连接酶stub1在抑制乙型肝炎病毒复制中的应用，涉及生物医药领域，所述应用是指E3泛素连接酶stub1基因或所述E3泛素连接酶stub1基因的表达产物在抑制乙型肝炎病毒复制中的应用。本发明提供的E3泛素连接酶stub1能够泛素化HSP90的底物蛋白，并与乙型肝炎病毒核心蛋白HBc结合、缩短其半衰期，下调衣壳蛋白，有效抑制乙肝病毒的复制，且弥补了衣壳蛋白抑制剂如HAPs等类药物代谢快、半衰期短的缺点，在抑制、清除乙肝病毒方面具有良好的应用前景。而且，因为E3泛素连接酶stub1发挥功能需要与HSP70、HSP90形成符合体并降解乙肝的衣壳蛋白，所以HSP90抑制剂可以增强其功能，发挥stub1类似的功能。